МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ВОЗБУДИТЕЛЯ ТУБЕРКУЛЕЗА: СВЯЗЬ С РАСПРОСТРАНЕННОСТЬЮ, ТЕЧЕНИЕМ И ИСХОДОМ ЗАБОЛЕВАНИЯ

Представлен краткий обзор и анализ современной литературы по молекулярно-генетическим особенностям возбудителя туберкулеза и генетическим факторам макроорганизма, которые могут влиять на распространение и харак-тер течения заболевания и обеспечивают восприимчивость/устойчивость к туберкулезу. Генотип Beijing играет ключевую роль в распространении возбудителя туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью, 58,0  % изолятов микобактерий туберкулеза, полученных из разных регионов Республики Беларусь относились к генотипу Beijing и имели идентичный MIRU VNTR профиль. В основе лекарственной резистентности лежат мутации в генах, участвующих в формировании устойчивости к изониазиду (katG, inhA, acpM-kasA), рифампицину (rpoB), стрептомицину (rrs, rpsL), этамбутолу (embB), этионамиду (inhA), пиразинамиду (pncA), антибиотикам группы фторхинолонов (gyrA).

структура генома микобактерий туберкулеза, основные группы генов и их функции, генетические факторы макроорганизма, ассоциированные с резистентностью/восприимчивостью к туберкулезной инфекции, генетические варианты возбудителя туберкулеза, их географическое распространение, молекулярные механизмы резистентности, структура мутаций в генах, ассоциированных с лекарственной устойчивостью

1. Global tuberculosis report / WHO: World Health, 2015.

2. Drug-resistant tuberculosis: Time for visionary political leadership / I. Abubakar [et al.] // Lancet Infect. Dis. – 2013. – Vol. 13, N 6. – P. 529–539.

3. Механизмы развития лекарственной устойчивости у Mycobacterium tuberculosis / Y. Zhang [et al.] // Туберкулез и легочные заболевания. – 2011. – Т. 2, № 1. – С. 7–19.

4. Туберкулез с множественной лекарственной устойчивостью в Туркменистане: результаты общенационального исследования, 2012–2013 гг. / ВОЗ: Европ. регион. бюро, 2013. – С. 1–13.

5. Multidrug-resistant and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis: epidemiology and control / A. Matteelli [et al.] // Expert Rev. Anti. Infect. Ther. – 2007. – Vol. 5, N 5. – P. 857–871.

6. Drug resistance profiles of Mycobacterium tuberculosis isolates: five years’ experience and insight into treatment strategies for MDR-TB in Lima, Peru / R. Timperi [et al.] // Int. J. Tuberc. Lung Dis. – 2005. – Vol. 9, N 2. – P. 175–180.

7. Alarming levels of drug-resistant tuberculosis in Belarus: results of a survey in Minsk / A. Skrahina [et al.] // Eur. Respir. J. 2012. – Vol. 39, N 6. – P. 1425–1431.

8. Evolution and transmission of drug-resistant tuberculosis in a Russian population / N. Casali [et al.] // Nat. Genet. – 2014. – Vol. 46, N 3. – P. 279–286.

9. Mycobacterium tuberculosis drug resistance, Abkhazia / M. Pardini [et al.] // Emerg. Infect. Dis. – 2005. – Vol. 11, N 3. – P. 501–503.

10. Extensively drug-resistant tuberculosis: back to the future / G. B. Migliori [et al.] // Eur. Respir. J. – 2010. – Vol. 36, N 3. – P. 475–477.

11. Focus, E. WHO’s new Stop TB Strategy / E. Focus // Options. – 2006. – 367 p.

12. Доклад о глобальной борьбе с туберкулезом, 2014 г. / ВОЗ. – Женева, 2014.

13. Global tuberculosis control: lessons learnt and future prospects / C. Lienhardt [et al.] // Nat. Rev. Microbiol. – 2012. – Vol. 10, N 6. – P. 407–416.

14. Guidelines for the programmatic management of multidrug-resistant tuberculosis / WHO, 2011.

15. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence / S. T. Cole [et al.] // Nature. – 1998. – Vol. 393. – P. 537–544.

16. Умпелева, Т. В. Молекулярно-генетическая характеристика клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в Уральском федеральном округе Российской Федерации: автореф. дис. ... канд. биол. наук / Т. В. Умпелева. – Екатеринбург, 2014. – 20 с.

17. Phylogeny of Mycobacterium tuberculosis Beijing strains constructed from Polymorphisms in genes involved in DNA replication, recombination and repair / O. Mestre [et al.] // PLoS One. – 2011. – Vol. 6, N 1. – P. 1–7.

18. Evolution and diversity of clonal bacteria: The paradigm of Mycobacterium tuberculosis / T. Dos Vultos [et al.] // PLoS One. – 2008. – Vol. 3, N 2.

19. How dormant is Mycobacterium tuberculosis during latency? A study integrating genomics and molecular epidemiology / Z. Yang [et al.] // Infect. Genet. Evol. – 2011. – Vol. 11, N 5. – P. 1164–1167.

20. Mutants of Mycobacterium tuberculosis lacking three of the five rpf-like genes are defective for growth in vivo and for resuscitation in vitro / K. J. Downing [et al.] // Infect. immun. – 2005. – Vol. 73, N 5. – P. 3038–3043.

21. Murphy, D. J. Identification of gene targets against dormant phase Mycobacterium tuberculosis infections /D. J. Murphy, J. R. Brown // BMC Infect. Dis. – 2007. – Vol. 7. – P. 84.

22. Bacterial polymorphisms The nature and consequence of genetic variability within Mycobacterium tuberculosis Bacterial polymorphisms / M. J. Blaser [et al.] // J. Clin. Invest. – 2001. – Vol. 107, N 5. – P. 533–537.

23. Susceptibility to tuberculosis is associated with variants in the ASAP1 gene encoding a regulator of dendritic cell migration / J. Curtis [et al.] // Nat. Genet. – 2015. – Vol. 47, N 5. – P. 523–527.

24. Звонкова, С. Г. Изучение особенностей полиморфизма генов dc-sign –336a/g, mcp1 –2518a/g, infγ +874a/t и конституциональных типов у детей с туберкулезной инфекцией / С. Г. Звонкова, О. Б. Огарков, Е. Ю. Зоркальцева // Бюл. ВСЦН СО РАМН. – 2011. – Т. 2, № 78. – С. 198–200.

25. Анализ полиморфизма –336a/g гена dc-sign (cd209) в аутопсийном материале / В. В. Синьков [и др.] // Бюл. ВСЦН СО РАМН. – 2011. – Т. 2, № 78. – С. 220–222.

26. Генотипы штаммов Mycobacterium tuberculosis с широкой лекарственной устойчивостью и клинико- эпидемиологические особенности туберкулеза легких / Н. Р. Васильева [и др.] // Инфекция и иммунитет. – 2016. – Т. 6, № 2. – С. 179–183.

27. Genotyping of the Mycobacterium tuberculosis complex using MIRUs: Association with VNTR and spoligotyping for molecular epidemiology and evolutionary genetics / C. Sola [et al.] // Infect. Genet. Evol. – 2003. – Vol. 3, N 2. – P. 125–133.

28. Supply, P. Multilocus Variable Number Tandem Repeat Genotyping of Mycobacterium tuberculosis / P. Supply // Institut Pasteur de Lille. – 2005. – 73 p.

29. Automated high-throughput genotyping for study of global epidemiology of Mycobacterium tuberculosis based on mycobacterial interspersed repetitive units / P. Supply [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2001. – Vol. 39, N 10. – P. 3563–3571.

30. Guide to the Application of Genotyping to Tuberculosis Prevention and Control // National Tuberculosis Controllers Association, Centers for Disease Control and Prevention, and Advisory Group on Tuberculosis Genotpying. – 2004. – 80 p.

31. Molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates from North Indian patients with extrapulmonary tuberculosis / M. M. Sankar [et al.] // Tuberculosis (Edinb). – 2013. – Vol. 93, N 1. – P. 75–83.

32. Mokrousov, I. Molecular structure of Mycobacterium tuberculosis population in Russia and its interaction with neighboring countries / I. Mokrousov // Int. J. Mycobacteriology. – 2015. – Vol. 4. – P. 56–57.

33. Spoligotype signatures in the Mycobacterium tuberculosis complex / E. M. Streicher [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2007. – Vol. 45, N 1. – P. 237–240.

34. Mokrousov, I. Mycobacterium tuberculosis Latin American-Mediterranean family and its sublineages in the light of robust evolutionary markers / I. Mokrousov, A. Vyazovaya, O. Narvskaya // J. Bacteriol. – 2014. – Vol. 196, N 10. – P. 1833–1841.

35. Мокроусов, И. В. Методологические подходы к генотипированию Mycobacterium tuberculosis для эволюционных исследований / И. В. Мокроусов // Инфекция и иммунитет. – 2012. – Т. 2, № 3. – С. 603–614.

36. Genotypes and characteristics of clustering and drug susceptibility of Mycobacterium tuberculosis isolates collected in heilongjiang province, China / J. Wang [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2011. – Vol. 49, N 4. – P. 1354–1362.

37. Galagan, J. E. Genomic insights into tuberculosis / J. E. Galagan // Nat. Rev. Genet. – 2014. – Vol. 15, N 5. – P. 307–320.

38. Mokrousov, I. Penitentiary population of Mycobacterium tuberculosis in Kyrgyzstan: Exceptionally high prevalence of the Beijing genotype and its Russia-specific subtype / I. Mokrousov, V. Valcheva, N. Sovhozova // Infect. Genet. Evol. – 2009. – Vol. 9, N 6. – P. 1400–1405.

39. Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage favors the spread of multidrug-resistant tuberculosis in the Republic of Georgia / S. Niemann [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2010. – Vol. 48, N 10. – P. 3544–3550.

40. Efficient differentiation of Mycobacterium tuberculosis strains of the W-Beijing family from Russia using highly polymorphic VNTR loci / O. V. Surikova [et al.] // Eur. J. Epidemiol. – 2005. – Vol. 20, N 11. – P. 963–974.

41. Molecular genetic analysis of Mycobacterium tuberculosis strains spread in different patient groups in St. Petersburg, Russia / E. Chernyaeva [et al.] // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. – 2012. – Vol. 31, N 8. – P. 1753–1757.

42. Исаева, Т. Х. Течение и эффективность лечения впервые выявленных больных туберкулезом легких в зависимости от генотипа M. tuberculosis: автореф. дис. … канд. мед. наук / Т. Х. Исаева. – М., 2012. – С. 25.

43. Савилов, Е. Д. Реконструкция истории распространения «пекинского» генотипа в России и на постсоветском пространстве методами молекулярной биологии / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков, О. Б. Огарков // Бюл. ВСЦН СО РАМН. – 2011. – Т. 2, № 78. – С. 172–175.

44. Савилов, Е. Д. Эпидемиология туберкулеза на Евро-Азиатском континенте. Оценка глобального движения штаммов генотипа «Пекин» / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков, О. Б. Огарков. – Иркутск: ИГМ АПО, 2013. – 121 с.

45. Туберкулез легких, вызванный Mycobacterium tuberculosis различных генотипов / Т. Ф. Оттен [и др.] // Проблемы туберкулеза. – 2003. – № 10. – C. 13–15.

46. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis strains / B. Lopez [et al.] // Clin. Exp. Immunol. – 2003. – Vol. 133. – P. 30–37.

47. Туберкулез сегодня: особенности возбудителя, клиника и лечение / Л. А. Скворцова [и др.] // Проблемы туберкулеза и болезни легких. – 2005. – № 11. – C. 6–10.

48. Genomic Deletions Classify the Beijing / W Strains as a Distinct Genetic Lineage of Mycobacterium tuberculosis Genomic Deletions Classify the Beijing / A. G. Tsolaki [et al.] // J. Clin. Microbiol. – 2005. – Vol. 43, N 7. – P. 3185–3191.

49. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype induces differential cytokine production by peripheral blood mononuclear cells of healthy BCG vaccinated individuals / A. Rivera-Ordaz [et al.] // Immunol. Invest. – 2012. – Vol. 41, N 2. – P. 144–156.

50. Global dissemination of the Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains / P. J. Bifani [et al.] // Trends Microbiol. – 2002. – Vol. 10, N 1. – P. 45–52.

51. Баласанянц, Г. С. Изучение генетической принадлежности Mycoabcterium tuberculosis на отдельных территориях северо-запада России / Г. С. Баласанянц, Н. Ю. Исаева, А. Н. Гришко // Туберкулез и болезни легких: материалы IX съезда фтизиатров России. – 2011. – № 4. – C. 47.

52. Исаева, Т. Х. Течение и эффективность лечения впервые выявленных больных туберкулезом легких в зависимости от генотипа M. tuberculosis: автореф. дис. ... канд. мед. наук / Т. Х. Исаева. – М., 2012. – 25 с.

53. Генотипирование уральских изолятов Mycobacterium tuberculosis / С. Н. Скорняков [и др.] // Биол. науки. – 2014. – С. 2–5.

54. Биологические свойства штаммов M. tuberculosis кластера W. / Л. Н. Черноусова [и др.] // Проблемы туберкулеза и болезни легких. – 2008. – № 10. – С. 45–50.

55. Черноусова, Л. Н. Молекулярная эпидемиология туберкулеза в тюрьмах / Л. Н. Черноусова, П. С. Кривонос // Актуальные проблемы пенитенциарной медицины: материалы междунар. науч.-практ. конф. – Минск, 2001. – С. 48–50.

56. Слизень, В. В. Анализ результатов изучения генотипов Mycobacterium tuberculosis с лекарственной устойчивостью / В. В. Слизень, Л. К. Суркова // Мед. панорама. – 2015. – Т. 9, № 162. – С. 46–51.

57. Сполиготипирование лекарственно-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Беларуси / Н. В. Василенко [и др.] // Иммунология, аллергология, инфектология. – 2006. – № 4. – С. 70–74.

58. Molecular characterization of rpoB gene mutations in rifampicine-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from tuberculosis patients in Belarus / L. P. Titov [et al.] // Biotechnol. J. – 2006. – Vol. 1, N 12. – P. 1447–1452.

59. KatG mutations in isoniazid-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis isolates from Belarusian patients / S. Zaker Bostanabad [et al.] // Tuberk. Toraks. – 2007. – Vol. 55, N 3. – P. 231–237.

60. Editorial TBCAP: tuberculosis annotation project / P. J. Brennan [et al.] // Tuberculosis. – 2013. – Vol. 93, N 1. – P. 1–5.