Разработка метода детекции цоДНК у пациентов с немелкоклеточным раком легкого с использованием маркера метилирования RASSF1

Аннотация. На основании информации из международной базы данных The Cancer Genome Atlas оценен статус метилирования промотора гена RASSF1 в 57 образцах опухолевой ткани (аденокарцинома и плоскоклеточный рак) и 27 образцах нормальной ткани легкого. Установлены области промотора, характеризующиеся специфичным профилем метилирования при немелкоклеточном раке легкого, включая его различные гистологические формы.

В рамках проведенного исследования осуществлен дизайн праймеров для метил-специфичной ПЦР, с помощью которой подтверждена возможность использования маркера RASSF1 для детекции опухолевой ДНК. Разработана методика детекции циркулирующей опухолевой ДНК в плазме крови пациентов с немелкоклеточным раком легкого с помощью цифровой капельной ПЦР.

1. Methylation dynamics of RASSF1A and its impact on cancer / G. Malpeli, G. Innamorati, I. Decimo [et al.] // Cancers. – 2019. – Vol. 11, N 7. – Art. 959. https://doi.org/10.3390/cancers11070959

2. RASSF1A, puppeteer of cellular homeostasis, fights tumorigenesis, and metastasis ‒ an updated review / F. Dubois, E. Bergot, G. Zalcman, G. Levallet // Cell Death and Disease. – 2019. – Vol. 10, N 12. – Art. 928. https://doi.org/10.1038/s41419-019-2169-x

3. Association of RASSF1A promoter methylation with lung cancer risk: a meta-analysis / Y.-Z. Huang, W. Wu, K. Wu [et al.] // Asian Pacific Journal of Cancer Prevention. – 2014. – Vol. 15, N 23. – P. 10325‒10328. https://doi.org/10.7314/apjcp.2014.15.23.10325

4. DNA methylation analysis of the SHOX2 and RASSF1A panel using cell-free DNA in the diagnosis of malignant pleural effusion / N. Zhang, Z. Liu, K. Li [et al.] // Journal of Oncology. – 2023. – Vol. 2023. – Art. 5888844. https://doi.org/10.1155/2023/5888844

5. Hypermethylated RASSF1A as circulating tumor DNA marker for disease monitoring in neuroblastoma / L. Zogchel, E. Wezel, J. Wijk [et al.] // JCO Precision Oncology. – 2020. – Vol. 4. – P. 291–306. https://doi.org/10.1200/PO.19.00261

6. Prognostic value of RASSF1A methylation status in non-small cell lung cancer (NSCLC) patients: A meta-analysis of prospective studies / H. Hu, Y. Zhou, M. Zhang, R. Ding // Biomarkers. – 2019. – Vol. 24, N 3. – P. 207‒216. https://doi.org/10.1080/1354750X.2019.1583771

7. National Cancer Institute. The Cancer Genome Atlas. URL: https://portal.gdc.cancer.gov (date of access: 12.05.2025).

8. TFsitescan. – URL: http://www.ifti.org/cgi-bin/ifti/Tfsitescan.pl (date of access: 12.05.2025).

9. The Li Lab. MethPrimer 2.0. – URL: http://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi (date of access: 12.05.2025).

10. Integrated DNA technologies. OlygoAnalyzer. – URL: https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer (date of access: 12.05.2025).