Генетическое разнообразие и молекулярная эпидемиология вируса Коксаки В5 в Республике Беларусь (2003‒2023 гг.)

Вирус Коксаки В5 ‒ наиболее часто обнаруживаемый в Беларуси в течение последних 20 лет тип энтеровируса (ЭВ). Его доминирование на территории страны сопровождалось значительным генетическим разнообразием: идентифицировано 12 геновариантов вируса, принадлежавших к 2 ранее идентифицированным геногруппам и 5 субгеногруппам (А1, А3, А4, В1, В2). Данные возбудители регистрировались параллельно на протяжении всего периода наблюдения и имели три основных паттерна циркуляции (длительная циркуляция на территории страны в течение 7‒15 лет, длительная глобальная циркуляция и периодические заносы в Беларусь, кратковременная циркуляция в течение 1‒3 лет), а затем исчезали. Страны происхождения ближайшего общего предка ‒ Китай, Франция и Беларусь (для 8 из 12 исследуемых геновариантов вероятность составила 89–100 %). Временной интервал между расхождением геноварианта от ближайшего общего предка и обнаружением его в популяции составил в среднем 3,1 ± 1,2 года. Все аминокислотные замены, обнаруженные у геновариантов Коксаки В5 и ранее уже встречавшиеся у различных штаммов вируса в других странах мира, были описаны как нейтральные.
Продолжение исследований по молекулярному мониторингу ЭВ позволит расширить накопленные данные и получить новую ценную информацию, касающуюся как молекулярной эволюции ЭВ, так и общих эволюционных закономерностей вирусов.

1. Фено- и генетическое разнообразие энтеровирусов в Республике Беларусь, 2003–2022 / Н. В. Поклонская, Т. В. Амвросьева, З. Ф. Богуш [и др.] // Eurasian Journal of Applied Biotechnology. – 2023. – Vol. 4. – P. 64–76. http://doi.org/10.11134/btp.4.2023.7

2. Molecular typing and epidemiology of enteroviruses identified from an outbreak of aseptic meningitis in Belgium during the summer of 2000 / I. Thoelen, P. Lemey, I. van der Donck [et al.] // Journal of Medical Virology. – 2003. – Vol. 70, N 3. – P. 420–429. https://doi.org/10.1002/jmv.10412

3. Использование различных модификаций метода ПЦР при диагностике энтеровирусных инфекций / Н. В. Поклонская, Т. В. Амвросьева, О. В. Дьяконова, О. Б. Щербакова // Медицинские новости. – 2004. – № 1. – C. 91–93.

4. Модифицированный метод гнездовой полимеразной цепной реакции в одной пробирке для детекции энтеровирусов / Н. В. Поклонская, Т. В. Амвросьева, О. В. Дьяконова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. – 2004. – № 4. – С. 46–47.

5. Kumar, S. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets / S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura // Molecular Biology and Evolution. – 2016. – Vol. 33, N 7. – P. 1870–1874. https://doi.org/10.1093/molbev/msw054

6. NCBI BLAST: a better web interface / M. Johnson, I. Zaretskaya, Y. Raytselis [et al.] // Nucleic Acids Research. – 2008. – Vol. 36, iss. 2. – P. W5–W9. https://doi.org/10.1093/nar/gkn201

7. Relaxed phylogenetics and dating with confidence / A. J. Drummond, S. Y. Ho, M. J. Phillips, A. Rambaut // PLoS Biology. – 2006. – Vol. 4, N 5. – P. e88. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040088

8. Bayesian phylogenetic and phylodynamic data integration using BEAST 1.10 / M. A. Suchard, P. Lemey, G. Baele [et al.] // Virus Evolution. – 2018. – Vol. 4, N 1. – P. vey016. https://doi.org/10.1093/ve/vey016

9. Posterior summarization in Bayesian Phylogenetics using Tracer 1.7 / A. Rambaut, A. J. Drummond, D. Xie [et al.] // Systematic Biology. – 2018. – Vol. 67, N 5. – P. 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032

10. Glanz, S. A. Primer of Biostatistics / S. A. Glanz. – 4th ed. – New York: McGraw-Hill Inc., 1997. – 473 p.

11. Changes in enterovirus epidemiology after easing of lockdown measures / E. L. Forero, M. Knoester, L. Gard [et al.] // Journal of Clinical Virology. – 2023. – Vol. 169. – Art. 105617. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2023.105617

12. Echovirus 11 lineage I and other enterovirus in hospitalized children with acute respiratory infection in Southern Italy (2022–2023) / D. Loconsole, F. Centrone, A. Sallustio [et al.] // International Journal of Infectious Diseases. – 2024. – Vol. 146. – Art. 107091. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2024.107091

13. Poliovirus and other enteroviruses from environmental surveillance in Italy, 2009–2015 / R. Delogu, A. Battistone, G. Buttinelli [et al.] // Food and Environmental Virology. – 2018. – Vol. 10, N 4. – P. 333–342. https://doi.org/10.1007/s12560-018-9350-8

14. Analysis of coxsackievirus B5 infections in the central nervous system in Brazil: insights into molecular epidemiology and genetic diversity / R. S. Machado, F. Gomes-Neto, M. L. Aguiar-Oliveira [et al.] // Viruses. – 2022. – Vol. 14, N 5. – Art. 899. https://doi.org/10.3390/v14050899

15. Prevalence of non-polio enteroviruses in the Sewage of Guangzhou City, China, from 2013 to 2021 / S. Huang, Y. Zhang, W. Zhang [et al.] // Microbiology Spectrum. – 2023. – Vol. 11, N 3. – P. e0363222. https://doi.org/10.1128/ spectrum.03632-22

16. Farshadpour, F. Molecular epidemiology of enteroviruses and predominance of echovirus 30 in an Iranian population with aseptic meningitis / F. Farshadpour, R. Taherkhani // Journal of Neurovirology. – 2021. – Vol. 27, N 3. – P. 444–451. https://doi.org/10.1007/s13365-021-00973-1

17. NESS Surveillance Data (May 9, 2024) // National Enterovirus Surveillance System. – URL: https://www.cdc.gov/ness/data-vis/index.html#cdc_data_surveillance_section_2-2021-data-summary (date of access: 29.06.2024).

18. An outbreak of aseptic meningitis caused by a distinct lineage of coxsackievirus B5 in China / N. Liu, L. Jia, J. Yin [et al.] // International Journal of Infectious Diseases. – 2014. – Vol. 23. – P. 101–104. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2014.02.005

19. Enteroviral infection outbreak in the Republic of Belarus: principal characteristics and phylogenetic analysis of etiological agents / T. V. Amvrosieva, N. V. Paklonskaya, A. A. Biazruchka [et al.] // Central European Journal of Public Health. – 2006. – Vol. 14, N 2. – P. 67–73. https://doi.org/10.21101/cejph.a3369

20. Генетические характеристики и филогенетический анализ энтеровирусов, вызвавших вспышечную и спорадическую заболеваемость в г. Минске в 2003–2005 гг. / Н. В. Поклонская, Е. П. Кишкурно, Т. В. Амвросьева, А. А. Безручко // Военная медицина. – 2007. – № 2. – С. 90–94.

21. Филогенетический анализ вирусов ЕСНО 6 и Коксаки В5, вызвавших вспышки и сезонные подъемы заболеваемости энтеровирусной инфекцией / Н. В. Поклонская, A. A. Безручко, T. В. Амвросьева [и др.] // Современные проблемы инфекционной патологии человека: сб. науч. тр. / НИИ эпидемиол. и микробиол. М-ва здравоохранения Респ. Беларусь. – Минск, 2008. – Вып. 1. – С. 52–57.

22. Безручко, А. А. Генетические характеристики и филогенетические взаимоотношения эпидемически значимых возбудителей энтеровирусной инфекции в Республике Беларусь: автореф. дис. … канд. биол. наук: 03.00.06 / Безручко Алексей Анатольевич; НИИ эпидемиол. и микробиол. М-ва здравоохранения Респ. Беларусь. – Минск, 2009. – 22 с.

23. Characterization of a putative ancestor of coxsackievirus B5 / M. Gullberg, C. Tolf, N. Jonsson [et al.] // Journal of Virology. – 2010. – Vol. 84, N 19. – P. 9695–9708. https://doi.org/10.1128/jvi.00071-10

24. Phylogenetic patterns of human coxsackievirus B5 arise from population dynamics between two genogroups and reveal evolutionary factors of molecular adaptation and transmission / C. Henquell, A. Mirand, J. Richter [et al.] // Journal of Virology. – 2013. – Vol. 87, N 22. – P. 12249–12259. https://doi.org/10.1128/JVI.02075-13

25. Molecular epidemiology reveals the co-circulation of two genotypes of Сoxsackievirus B5 in China / Y. He, H. Wei, L. Wei [et al.] // Viruses. – 2022. – Vol. 14, N 12. – Art. 2693. https://doi.org/10.3390/v14122693